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但是，RNA世界假说并不是合理的理论。例如，蛋白质也可以实现自我复制，更不用说DNA了。目前，来自英国和美国的化学家已经证明了在原始环境中构建RNA和DNA的可能性，并展示了如何通过几个简单的步骤将RNA转化为DNA分子，且这个简单的过程中不需要添加任何酶。这一发现迫使科学家对生命起源进行重新的思考。来自美国斯克里普斯研究所的Ramanarayanan Krishnamurthy表示：“一些新发现表明人们在探寻地球生命起源时受到了RNA世界假说错误的诱导暗示，事实证明该假说可能并不合理。”Krishnamurthy认为，单纯的RNA演化成DNA的过程中可能会形成某种杂合分子，在这个交接期内，DNA和RNA都在执行类似的自我复制任务。但研究人员发现，这种杂合分子不如单纯的RNA和DNA分子链稳定。
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于是科学家们产生了一个疑问：为什么复杂的高级生物一定要从RNA中发展而来呢？对于这个疑问，一个可能的答案是：根本没有纯粹的RNA世界起源，而是RNA和DNA两种分子之间相互竞争，直到DNA从中胜出，并成为终指导生命演化的物质。但这些丰富的DNA分子又来自哪里呢？Krishnamurthy认为，很可能来自硫脲（CH4N2S）这种含硫化学物质。
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